El "Nene" llegó al Decano en mayo de 1964, luego de su paso por Boca Juniors, para jugar bajo las ordenes del brasileño Zezé Moreira.
Su llegada fue de una enorme magnitud para el fútbol uruguayo en aquella época, y el argentino rápidamente dio muestra de su clase: convirtió 10 goles en 12 partidos en una gira por Europa, debutó en Uruguay ante Colón de Santa Fe donde marcó cuatro tantos y luego tuvo una gran actuación en el partido semifinal de ida ante Colo Colo en Santiago por la Copa Libertadores, donde anotó dos golazos en la victoria de Nacional por 4 a 2.
Sin embargo, una dolorosa fractura de tibia y peroné en un amistoso ante Vasco da Gama, en la previa de la revancha copera, lo dejó casi un año afuera de las canchas y los albos no pudieron ganar la final ante Independiente.
Tras dos años, en 1966, Sanfilippo retornaría a su país debido a diferencias con la Comisión Directiva.
"Más allá de que jugué en otros equipos como Boca Juniors, Banfield y en Brasil, yo siempre digo que Nacional es mi segunda casa. La primera es San Lorenzo. Es muy fuerte el cariño que siento acá, la forma en la que me reconoce la gente, me hace sentir muy bien", comentó sobre los años que vivió en Nacional.
También habló sobre sus ganas de haber seguido en el club y la lesión que lo apartó de las canchas antes de la final con Independiente: "vine a quedarme. Lamentablemente, así se dieron las cosas. Me molestó mucho la maldad de ese brasileño que me quebró a propósito, Fontana. Cuando yo reaparezco después de casi un año, porque la quebradura de tibia y peroné me causó varios problemas, jugamos contra Olimpia de Paraguay, que andaba una barbaridad, y ganamos 3 a 1, yo hice los tres goles. Ese tipo de cosas para un hincha son muy importantes".
Acerca de su llegada a Nacional comentó: "fue una revolución. Cómo la gente me esperó, cuando llegué con mi valijita, las presentaciones y ese primer partido para que los hinchas me conozcan cuando le ganamos a Colón. Después, el cariño de la gente era permanente, no había partido en que yo no hiciera goles".
Finalizó recordando su gol clásico ante Mazurkiewicz: "antes de aquel partido clásico de 1965, la semana anterior, le hicieron un reportaje a (Ladislao) Mazurkiewicz. “Vas a tener que enfrentar a Sanfilippo, que le está haciendo goles a todo el mundo. ¿Cómo vas a hacer?”, le preguntaron. Y él dijo: “No, a mi Sanfilippo no me hace un gol ni loco. Si me hace un gol, me hago cura”. Y en menos de 7´ de partido ya ganábamos 1-0 con un gol mío. En todos los diarios salió después: “Para Mazurkiewicz, se informa que en esta dirección se venden sotanas”.
José Sanfilippo debutó en San Lorenzo, su club de toda la vida, en 1953, cuando tenía apenas 18 años. A partir de ese momento, y hasta 1962, defendió al “Ciclón” conquistando el torneo local argentino en 1959 y anotando casi 200 goles. Fue goleador del certamen en cuatro ocasiones consecutivas (1958, 1959, 1960, 1961).
En 1963 jugó en Boca Juniors, donde fue subcampeón y máximo anotador de la Copa Libertadores.
Entre mayo de 1964 y enero de 1966 defendió a Nacional. En su etapa en el Decano del fútbol uruguayo Sanfilippo jugó 41 partidos y anotó 32 goles.
Posteriormente se marchó a Banfield (1966-1967) y luego al fútbol brasileño (Bangú 1968 y Bahía 1968-1971), antes de volver definitivamente a San Lorenzo en 1972.
Al final de 1972 se retiró del fútbol activo con un record hasta hoy inalterado: es el máximo goleador de la historia de San Lorenzo con 207 goles en 265 partidos.
